另一方面，《清算机构准入决定》还赋予了原中国银行业监督管理委员会（以下简称“原银监会”）大量职责。比如批准银行卡清算业务许可证时、核准银行卡清算机构董事和高级管理人员任职资格时，中国人民银行均需征求原银监会同意。此外，银行卡清算机构的行政许可条件、程序的实施细则以及相关审慎性监督管理措施等，中国人民银行也要会同原银监会来制定。总而言之，《清算机构准入决定》初衷是要求中国人民银行和原银监会按照分工实施监管原则，对银行卡清算机构共同进行管理，防范清算业务的系统性风险。
值得注意的是，在2018年国务院机构改革方案中，将原银监会和原中国保险监督管理委员会的职责被整合，组建成为中国银行保险监督管理委员会（以下简称“原银保监会”）。《清算机构准入决定》中关于原银监会的监管职责，事实上也转移到了原银保监会处，只是彼时《清算机构准入决定》没有同步修订。
此外，相关负责人就《决定》有关问题答记者问中也表示，2018年中国银行业监督管理委员会和中国保险监督管理委员会的职责整合，组建中国银行保险监督管理委员会。2023年组建国家金融监督管理总局，不再保留中国银行保险监督管理委员会。据此，需将《国务院关于实施银行卡清算机构准入管理的决定》中的“中国银行业监督管理委员会”修改为“国家金融监督管理总局”。
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